Rekrut pertama Abdurajik Abubakar Janjalani itu adalah tentera Barisan Pembebasan Kebangsaan Moro (MNLF) dan Barisan Pembebasan Islam Moro (MILF). Walau bagaimanapun, MILF dan MNLF menafikan mempunyai kaitan dengan Abu Sayyaf. Kedua-dua rasmi menjauhkan diri daripada Abu Sayyaf kerana serangan ke atas orang awam dan mengaut keuntungan yang sepatutnya. Tentera Filipina, bagaimanapun, telah mendakwa bahawa unsur-unsur kedua-dua kumpulan memberi sokongan kepada Abu Sayyaf.

Kumpulan itu pada asalnya tidak berfikir untuk menerima bantuan kewangan daripada sumber-sumber luar, tetapi laporan perisikan dari Amerika Syarikat, Indonesia dan Australia mendapati hubungan terputus-putus kepada kumpulan pengganas Jemaah Islamiyah Indonesia,[156] dan kerajaan Filipina menganggap Abu Sayyaf sebagai sebahagian daripada Jemaah Islamiyah.[44] Kerajaan juga menyatakan bahawa pembiayaan awal untuk ASG pada 1990-an datang dari al-Qaeda melalui abang ipar kepada Osama bin Laden, Mohammed Jamal Khalifa, melalui badan amal Islam di rantau ini.[44][157][158][159][160]

Pengganas Al-Qaeda Ramzi Yousef beroperasi di Filipina pada pertengahan 1990-an dan dilatih tentera Abu Sayyaf.[161] Edisi 2002 Corak Keganasan Global Jabatan Amerika Syarikat menyebut kaitan dengan al-Qaeda.

Meneruskan hubungan dengan kumpulan Islam di Timur Tengah menunjukkan bahawa al-Qaeda mungkin memberikan sokongan berterusan. [37][162][163]

Sehingga pertengahan tahun 2005, anggota Jemaah Islamiyah dilaporkan telah melatih kira-kira 60 kader Abu Sayyaf dalam pemasangan bom dan letupan.[164][165][166]

Dana

Kumpulan itu mendapat kebanyakan pembiayaan melalui tebusan dan peras ugut. [167][35] Satu laporan dianggarkan hasilnya daripada wang tebusan pada tahun 2000 sahaja di antara $ 10 dan $ 25 juta. Menurut Jabatan Negara, ia juga boleh menerima bantuan kewangan daripada dermawan Islam radikal di Timur Tengah dan Asia Selatan.

Dilaporkan bahawa Libya memudahkan pembayaran wang tebusan kepada Abu Sayyaf. Libya juga telah mencadangkan bahawa wang Libya mungkin boleh disalurkan kepada Abu Sayyaf. [168]

Agensi perisikan Rusia yang berkaitan dengan pesawat Victor Bout telah dilaporkan menyediakan Abu Sayyaf dengan senjata.[169][170]